La característica que más sobresale del histórico conjunto que forma el Museo de Navarra es su singular emplazamiento en la ciudad de Pamplona, en el extremo de su casco antiguo y asentado sobre el ángulo que forman la muralla con la Cuesta de Santo Domingo, ubicación que asegura una larga y clara perspectiva visual, desde el recorrido iniciado en la céntrica Plaza del Ayuntamiento.

La remodelación interior del Museo de Navarra se desarrolla a partir de un concepto espacial único y rotundo: la incrustación en el interior del mismo de un elemento nuevo con fuerza suficiente para modificar las referencias arquitectónicas internas del antiguo edificio, y con proporciones suficientemente generosas para transformar el Museo en un edificio definitivamente público. Los efectos de la incrustación interior de un elemento nuevo se extiende en el exterior solamente en los puntos más singulares y con mayor relación con la ciudad: la entrada y el jardín posterior sobre la muralla. Con esto se pretende manifestar cronológicamente la importante renovación del Museo, sin alterar las características arquitectónicas generales de su frente más público.

En la fachada principal se conjuga y subraya la fragmentación histórica que posee el Museo desde su rehabilitación de 1956. Con esto, se pone en valor el juego de las dos portadas (Museo y Capilla) en el eje de la perspectiva visual urbana, se relega a segundo término la parte más desfigurada estilísticamente, y se ennoblece y ajusta a su entorno la porción de fachada de la calle Descalzas en pleno casco antiguo. El perímetro del nuevo espacio del hall se traza como una pantalla independientemente de las fachadas originales que conforman el patio, y con un perfil ovalado para amoldarse a los accesos existentes. De esta manera se resuelve el doble problema, estructural y compositivo, que representa la falta de ejes arquitectónicos claros al edificio existente. El montaje y equipamiento de las salas se ha realizado con la intención de optimizar la contemplación de las piezas, sin separarlas demasiado de su contexto o soporte original, pero sin utilizar recursos o elementos evocativos de imposible reproducción o de excesiva teatralidad. Se ha realizado, conjuntamente con la Dirección del Museo, una selección muy estricta del material a exhibir. Esto ha permitido disponer éste con más holgura a las salas y ampliar las áreas históricas y artísticas insuficientemente representadas. Se ha tenido en cuenta el diálogo que necesariamente se crea entre las propias piezas u objetos debido a su proximidad, así como el que se crea por la misma razón entre las piezas y el atento visitante, mayoritariamente escolar, que transcurre entre ellas.